根据《安全生产许可证条例》第三条的规定，非煤矿矿山企业的安全生产许可证由以下机关负责颁发：

国务院安全生产监督管理部门：

负责中央管理的非煤矿矿山企业安全生产许可证的颁发和管理。这包括一些大型国有企业和重要的非煤矿矿山企业。

省级安全生产监督管理部门：

负责前款规定以外的其他非煤矿矿山企业安全生产许可证的颁发和管理。这些企业主要是一些地方性的非煤矿矿山企业。

例如，某中央管理的大型非煤矿矿山企业，其安全生产许可证由国务院安全生产监督管理部门颁发；而某位于山东省的小型非煤矿矿山企业，则由山东省安全生产监督管理部门颁发安全生产许可证。

考试科目：安全生产法律法规

考点：安全生产许可证的发证机关的层级