参考解析：
问题1：
答：该合同条款存在的不妥之处及其修改：
（1）工期总日历天数约定不妥，应按日历天数约定，不扣除节假日时间。
（2）工程质量为甲方规定的质量标准不妥，本工程是住宅楼工程.目前对该类工程尚不存在其他可以明 示的企业或行业的质量标准，因此，不应以甲方规定的质量标准作为该工程的质量标准，而应以《建筑工程施 工质量验收统一标准》中规定的质量标准作为该工程的质量标准。
（3）安全文明施工费和暂列金额为签约合同价的一定比例不妥。应约定人民币金额。
（4）承包人在开工前采用内部竟聘方式确定项目经理不妥。应明确为投标文件中拟订的项目经理。如果 项目经理人选发生变动，应该征得监理人和（或）甲方同意。
（5）针对工程量变化幅度和材料上涨幅度调整工程价款的约定不妥。应根据《建设工程工程量清单计价规范》的有关规定，全面约定工程价款可以调整的内容和调整方法。
（6）工程预付款预付额度和时间不妥。
（7）工程价款支付条款约定不妥。“基木竣工时间”不明确，应修订为具体明确的时间：“乙方不得因甲方资金的暂时不到位而停工和拖延工期”条款显失公平，应说明甲方资金不到位在什么期限内乙方不得停工 和拖延工期.逾期支付的利息如何计算。
（8）质量保修期（50年）不妥，应按《建设工程质量管理条例》的有关规定进行修改。地基与基础、主 体结构为设计的合理使用年限：防水、保温工程为5年；其它工程（水、电、装修等）为2年或2期.
（9）工程质量保证金返还时间不妥。根据国家建设部、财政部颁布的《关于印发〈建设工程质量保证金管 理暂行办法〉的通知》的规定，在施工合同中双方约定的工程缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年。缺陷责任期满后，承包人向发包人申请返还保证金，发包人应于14天内进行核实，核实后14天内将保证金返还承 包人。
（10）补充施工合同协议条款不妥。在补充协议中，不仅要补充工程内容，而且要说明工期和合同价款是否需要调整，若需调整则如何调整。
问题2：
答：根据《建设工程工程量清单计价规范》的规定，下列事项（但不限于）发生，发承包双方应当按照合 同约定调整合同价款：
1）法律法规变化；2）工程变更；3）项目特征描述不符；　4）工程量清单缺项；5）工程量偏差；6）物价 变化；
7）暂估价；8）计日工；9）现场签证；10）不可抗力；
11）提前竣工（赶工补偿）；12）误期赔偿；13）施工索赔；14）暂列金额；15）发承包双方约定的其他调整事项出现合同价款调增事项后的14天内，承包人应向发包人提交合同价款调增报告并附上相关资料，若承包 人在14天内未提交合同价款调增报告的，视为承包人对该事项不存在调整价款。
发包人应在收到承包人合同价款调增报告及相关资料之日起14天内对其核实，予以确认的应书面通知承 包人。如有疑问，应向承包人提出协商意见。发包人在收到合同价款调增报告之日起14天内未确认也未提出 协商意见的，视为承包人提交的合同价款调增报告己被犮包人认可。发包人提出协商意见的，承包人应在收到 协商意见后的14天内对其核实，予以确认的应书面通知发包人。如承包人在收到发包人的协商意见后14天内 既不确认也未提出不同意见的，视为发包人提出的意见已被承包人认可。
问题3：
答：首先应及时与甲方协商，确认该部分工程内容是否由乙方完成。如果需要由乙方完成，则双方应商签补充合同协议，就该部分工程内容明确双方各自的权利义务，并对工程计划做出相应的调整：如果由其他承 包商完成，乙方也要与甲方就该部分工程内容的协作配合条件及相应的费用等问题达成一致意见，以保证工程 的顺利进行。